疼痛往往是某些疾病、外伤的突出表现。机体出现问题或受到伤害时，常用疼痛来引起你的注意或向你提出警告。阴茎疼痛也是如此，不管是阴茎表面的疼痛还是内里的疼痛都不是什么好玩的事，它往往是一些疾病的征兆，而且疼痛的严重程度与病情轻重并没有对应的关系，所以疼痛不论轻重都足以引起你的注意。有些男士仅仅因为害羞，不到痛的难以忍受不会上医院，结果使病情延误。
　　造成阴茎疼痛的主要原因是各种外伤和病菌感染。
　　★ 外伤：虽然阴茎地处隐蔽，而且平时体积也比较小，但还是有可能出现外伤的。最常见的是骑跨在硬物上，将阴茎撞伤。阴茎表皮的损伤主要是被虫咬伤。极少数的男士因为性生活中动作过于猛烈或突然改变方向，使得阴茎折断。
　　★ 疱疹病毒感染：一些病毒侵犯阴茎后，常会引起疼痛，常见的有生殖器疱疹。感染后，阴茎会有灼烧、发痒、疼痛的现象。
　　★ 前列腺炎：前列腺发炎常常会引起阴茎的疼痛。
　　★ 非淋病性尿道炎：非淋病性尿道炎是由解脲脲原体和沙眼衣原体以及毛滴虫等引起的尿道感染，主要通过性行为进行传播。患者除了发现尿道有脓性分泌物外，还有小便时疼痛，阴茎周围灼热、疼痛、发痒等。
　　★ 阴茎癌：要辨认阴茎癌并不困难，从器官的表面就能看到病变的组织。除非是受到感染，否则阴茎癌通常都不会引起疼痛，治疗这个病的方法是实行外科手术。
　　★ 异常勃起：有时勃起竟会引起阴茎疼痛。勃起阴茎的动脉里形成血凝块时，就会阻止血液从阴茎流出，使得阴茎勃起的时间远远超过正常，形成剧烈的疼痛。
　　★ 佩罗尼病：又叫阴茎弯曲，是由于阴茎里形成疤痕组织而引起的一种渐进性疾病。有病的组织在阴茎上形成斑块。当阴茎勃起时，斑块使得阴茎弯曲并疼痛。有时斑块会自己消失，有时必须通过手术进行校正。